潮境海洋中心的前身是潮境工作站，於民國97年啟用，最初業務是執行望海巷海灣環境監測調查，以及海洋生物的復育與收治，後任務逐年擴大，包含介紹台灣水產養殖科技、提升館員研究量能、並作為產官學交流合作的樞紐，培養水族專業人才。自民國111年起併入潮境智能海洋館，作為館內展區之一部分並開放大眾參觀，除既有任務之外，也成為教育與展示場域，持續推廣海洋教育。