臺灣的水產養殖歷史要從清朝說起，至今已經有三百多年的歷史。清朝時，水產養殖的種類大多從中國引進來，只有虱目魚種是從印尼傳過來的。日治時期，臺灣總督府成立了「水產試驗所」，引進新的魚種和技術，也進行養殖試驗和推廣。大約在1945年二次大戰結束後，臺灣的養殖技術有明顯突破，國內外的市場需求都擴大了，讓臺灣有了「養殖王國」的封號。近年來，漁業資源在污染和過度捕撈的威脅之下大量減少，但養殖業的成功發展，卻能相對的舒緩自然水產資源的壓力。另外，育苗技術的建立，也是恢復生態平衡的重要助力。